按照合同约定处理。

子公司作为独立于母公司的独立法人，是可以由母公司持股开立的
员工代持股开立的子公司，名义上是员工的，你和员工之间的协议具有相对性，只能约束你们双方，对第三者是无效的。所以如果员工以法人身份做出违反你们协议的业务行为，他的行为对于第三方也是有效的，你也只能追究该员工的违约责任或是拿着协议去法院起诉要求确认你的股东身份。
当然以员工身份代股也有各自的好处，不能一概而论，有需要可以联系我所咨询