针对你陈述的事实，结合我国现行有效的法律法规，提出以下法律意见供参考：
1、首先，一般情况下，在农村宅基地建造的居住房屋只能登记在集体所有制成员的名下，你们是城镇居民户口，原则上无法办理系争房屋的上户手续；
2、其次，当年你父亲为建造该房屋所花费的金钱可要求该房屋的产权人给予补偿，要求其返还该笔建房款项及相应的资金占用利息。当然，这里面涉及到一个2年的诉讼时效的问题，需要综合研究案件具体证据后来酌情操作；
3、最后，仍有一条途径可操作本案，鉴于当事人都为亲属关系，且当时有几个兄妹的证人证言，可考虑你父亲与你大妈再签订一个无偿使用某几层房屋的书面协议，以此可保障你们儿女以后对该房屋的使用权。同时，也可考虑双方协谈签订一个一次性金钱补偿协议，以做到案结事了。
以上意见供参考！