用人单位只有在两种情形下可以与劳动者约定违约金：一是用人单位为劳动者出资进行专业技术培训约定服务期的。二是用人单位为保护商业秘密与劳动者约定竞业限制的。如果单位和你约定的违约金不是这两种的话，你可以提前30日提交辞职申请而不需要支付违约金。毕业证书单位无权扣留应退还你，在你和单位解除劳动合同后单位应在15日内为你办理档案和社会保险关系转移手续。