协议应该是无效的，可以到劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁

单位无权扣押你的任何证件，这是法律的强行性规定，你们的协议无效，单位做法不合法，可以协商或者起诉。

建议直接到劳动部门申请仲裁，要回你的证件。
具体操作建议电话详谈。