答：双方约定清楚即可。

秘方可申请专利，所有权归你个人所有，具体合伙事宜建议在律师的指导下进行。

商标与你秘方没关系  你的秘方应属于专利

可根据实际情况与对方约定清楚；可委托律师拟定。

建议找律师当面说明详细情况,由律师代为起草相关协议.

从你表述的内容看，现分析如下：
1、你所说餐饮店所用秘方是你个人所拥有，是否已经申请了专利；如若申请了，是以你的名义申请的，还是以餐饮店的名义申请的；如果是你个人申请的，可以将此专利转让给餐饮店等。
2、你们后期注册商标后，加盟店是否有他的股份，得看你们的加盟模式，如果是开设直营店的情况，他是享有股份的；如果是别的公司加盟，你们收取加盟方的加盟费、月特费、商标使用费等相关费用，他是不享有加盟公司的股份的；
3、你们即授权方与加盟方之间有特许经营合同来约束，而你们合伙人之间有合伙协议来约束，利润分配合同中应该都有约定。
    答复的不知是否清楚，不明白的地方欢迎电话咨询。