您好，建议您去工商局咨询一下，分公司是总公司的分支机构，应当是没有问题的。

工商局是企业登记机关，你已登记了分公司，分公司是总公司下属的分支机构，其从事的经营活动视同总公司的对外经营行为，现以分公司来履行合同义务并不违约，这些与开发票没有关系。你公司所开具发票是否合法由税务机关监管，工商局也不可能超越职权处理涉税问题。