先协商，协商不成只能仲裁

赔偿费用与伤残者年龄、用人单位属地、伤残者属地、是否参加工伤保险、是否解除劳动关系、伤残等级、护理依赖程度、本人工资、社平工资、伤残部位、受伤残时间、住院时间等等有关。大额赔偿费用未下列各项之和：
1.停工留薪期工资
2.医疗费
3.伙食补助费
4.辅助器械费
5.护理费
6.一次性伤残补助金 11个月本人工资，由基金支付
7.一次性医疗补助金 6个月全市上年度职工月平均工资，由基金支付（前提是合同期满终止或解除劳动关系）
8.一次性就业补助金等等  12个月全市上年度职工月平均工资，由用人单位支付（前提是合同期满终止或解除劳动关系）

公司的做法不合法，可申请仲裁。