公交公司的自己没有权利没收你妈妈的残疾证。
但是据你所述，司机并没有没收你妈妈的残疾证，而是要求你妈妈卖票后还证（如果你妈妈不买票就下车走人，司机就找不到你妈妈了；这就象一个人在饭店吃了饭不出钱，饭店可以拿着对方的提包，要求结账后归还一样）。这在民法上叫自助行为，并不违法。