我公司开了一部分发票并且认证抵扣了，却发现供货方一把进项票作废了，我该怎么办？ 2015年11我公司收到了40万的进项票，我公司分别在11月份和12月份将这40万开出，并做了认证抵扣，2016年的3月份却接到税务通知，供货方早已作废这40万的发票。与供货方沟通，供货方承认操作失误，基于这种情况，我公司所在的税务机关要求供货方把作废的发票原样开过来，供货方也照做了，可税务还是要让把税款补上，我该怎么办？