你好，劳动合同法只允许用人单位与劳动者约定两种违约金:
 1.用人单位出资让劳动者去培训,可以约定服务期违约金,但金额最高不能超过用人单位支出的培训费用,且按约定期限逐年递减.
 2.关于用人单位的商业秘密的保密协议,可以约定竞业期违约金,约定劳动者在离职后一段时间不得到同类的公司就职.但最多不得超过两个月,离职后原用人单位需按月向劳动者支付不能到同类单位任职的经济补偿,否则劳动者不算违约.
除此之外，都是不合法的。

超过诉讼时效的情况，已经丧失了申诉权，你可以拒绝交费；对方不给可以通过法律程序索要。