如果公司A是子公司，具有独立的法人，就应该和A公司签署协议，否则，要和港资母公司协议。

和A公司签署协议

a.当然和A公司合作；
b.这个取决于你们合作的方式。 我的补充： 2011-08-16 21:21

a.当然和A公司签署。

你应该跟A公司签署协议。在跟A公司合资之后成立新公司，该新公司成为独立的中国法人，获得了在中国境内执业的执照。没有必要再到各省分别办理。

此事处理应慎重，建议请律师参与处理。需要帮助，可以来电联系。

你好，A公司如是独立法人，与A公司订立协议，你可以成立中外合资企业，如与其母公司订立协议，设立的是外商独资企业。看你们企业的自身需求决定。
A公司如在各省设立分公司，应分别办理执照。
建议聘请律师协助操作。