协议是当事人双方意思表示一致的约定，如果乙方不同意则双方达不成协议，因此双方不可能形成分居协议。能证明夫妻分居的常见证据：1、一方在外居住的房屋租赁合同；2、双方签订的夫妻分居书面协议，一定是要书面的，口头协议必须对方承认；3、一方向另一方发出的书面分居文书，最好是用快件性质邮寄，在备注栏里注明“分居”，并且保留邮寄凭证，从邮寄之日起到提起离婚期间属于夫妻分居时间；4、双方来往的书信、电子邮件等能证明双方感情不和分居的事实；5、人证也可以，比如双方都认识的朋友或者亲戚，不过因为证人往往和为其作证的一方有利害关系及分居是夫妻“私事”，所以单独的证人证言难为法院采信，要辅佐以其他的证据。
注意婚姻法上的“分居”跟普通人们对分居的理解有不同，能够成为离婚理由的分居满两年必须是因感情不和导致的，因在两地工作形成的分居不能成为离婚的理由。