年检，每年一次，是将上年度经营情况作一年度检验考核。通过年检继续经营，未通过年检，可以停业。不能不检，二年不参加年检，工商部门可以给与罚款督促续检，也可以直接吊销营业执照。
根据你说的情况，工商局的处理是合法的，你应该接受处罚，尽快年检，不影响继续创业。至于通知的问题，营业执照副本上有告知，是你新创业不知道而已。