公司化运作需要注意很多问题，比如在公司章程中要有对法定代表人的权力制约，你们小股东要有监事并履行监事职权，要随时注意查阅公司的账目和运作情况，定期召开股东会或董事会，有必要的话，年度可以进行财物审计，涉及公司重大问题的时候，要有股东会来决定。以确定你们小股东也能及时掌握公司的运转情况。具体问题，可以咨询律师协助。

最好通过合伙协议约定来保障权益。