1、三方协议只在你毕业前有效。
2、你现在已经到学校上班，你已经履行了三方协议。
3、现在你跟学校是劳动关系，适用劳动法。劳动法律规定，劳动者有辞职权，试用期只需提前3天通知单位即可辞职，即不需要单位同意，也不需要支付单位违约金。

您自愿签订的协议是合法有效的，对您有约束力，因此最好的方法看是否能与用人单位友好协商，请他们谅解您的难处。

你与用人单位签订了劳动合同，到校上班，原三方协议已经履行完毕，你不存在违约行为。无需支付违约金。在试用期提前三天书面通知用人单位解除劳动关系，期满后即可离开，并可以要求用人单位在离职后15内给你办理离职手续。
《劳动合同法》 第五十条　用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。 
    劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。