可以起诉要求主张工程款。
虽然工程内容确实存在问题，但对方已经实际使用，已经实现了对方的合同目的，而且，对方也无权对工程提出不合格之主张，所以，有权起诉。
〈最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释〉第十三条　建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持;但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。