宅基地交换纠纷 2001年我们家与一个熟人宅基地交换 

一，我们家（甲方）将40平方米的宅基地出让给他（乙方）修建住房使用。乙方将另一处的40平方米宅基让给甲方 。
二 ，甲乙双方各自办理过户登记手续，并承担其费用。
甲方的宗地使用权手续已经完善。同意乙方在其出让的宅基地上施工修房，并与甲方同时修建。
由于当时工商所有人也想要这里，政府就说这宅基地有纠纷 我们当时交了政府所要求的办相关证件的钱，他们也收下了，但却以有纠纷为由不予发证。为此房产证未办（现房子以修好） 现在乙方想办房产证，他要求他只按2003年时地基的价钱付，其余由甲方补给。 

按照上面三条 他说的对吗