是侵权，你现通过工商部门让这个店停止侵权。

如果你的公司名称没有注册，对方开店用了和你公司名称一样的名字，也不涉及侵犯你的公司权利，
你的这个情况还是有点特殊，建议在当地找律师面谈，把详细情况给律师说一下，让律师帮你解决吧