可以协商，协商不成的，可以诉讼离婚，对方在深圳有居住证超过一年的，可以在深圳起诉。两个孩子的，抚养权一个一个

协议离婚可以自行约定孩子的抚养权，以及财产分割，到办理结婚登记的民政局办理。
如果诉讼离婚的话，可以在被告经常居住地提起，两个孩子的一般一人一个。财产平均分配。