有矛盾之处：“租期内乙方继续以甲方名义办理营业执照、卫生许可证等相关手续”与“合同生效后乙方有权要求甲方注销营业执照和相关工商税务登记手续，并重新以乙方名义办理相关工商税务登记手续。”
以后一个为准。

你如果名字不变，只能办理营业执照变更，最好不要注销，你如果注销了，在一年之内不能申请同名的企业名称了。

第一、并不存在矛盾之处，“合同生效后乙方有权要求甲方注销营业执照和相关工商税务登记手续，并重新以乙方名义办理相关工商税务登记手续。”这给乙方一个选择的权利；
第二、 这是个体户，法律有明确规定，允许实际经营责与注册登记者不一致，但要负担连带责任；
第三、甲乙内部有约定责任划分，但这只对内有效，不能对抗第三人！