你好，请您注意一个问题，你的公司如果两年的年检都没有通过，但是工商局并没有因此吊销你公司的营业执照，上诉仍可以您公司的名义提起。法院对您公司的上诉如果不予受理，可能是因为其他如未按规定交纳上诉费、超过上诉期限提起上诉等情况。如果没有这些情况，法院一般都会受理，至于提交到上级法院，只是法院各级之间的工作交接问题，你可以向法院反映催促或投诉法院工作效率低。

你的担心没有必要，一审时你公司是原告，上诉时仍然要公司以一审原告的身份上诉。通过原审法院提交上诉状是可以的，如果是原审法院的原因不予提交，你可以要求原审法院说明理由。当然，你也可以直接向上级法院提交上诉状。