1，公司处罚员工，要按公司的规章制度的规定来处理。
2，同时公司的规章制度要经民主程序 ，要向员工公示，才能用来管理员工。
3，若员工有过错给公司造成损失，应按损失大小与过错比例来承担责任，但要求员工全赔则不合理。
4，公司扣钱应有法律依据，不然就是乱扣钱，你有权要求公司退还。

可以申请仲裁要求支付工资

这是不合法的，可以申请仲裁要求支付工资。