老婆是江苏南通的,我是云南的,分居两年,她户口在江苏,人在上海上班
答:向上海起诉。
在对方所在地法院起诉。 可向她户籍所在地法院起诉,如她离开户籍地,有连续居住满一年以上的地方,在其经常居住地法院起诉。
如果女方在云南有自己的房产,也可在云南起诉。