双方没有施工协议，但施工单位已经将工程完工的，对于如何支付工程款，是否全额支付还是部分支付，留下部分质量保证金，需要双方协商解决，协商不成的，可以诉讼解决。施工单位应协同建设单位作出质量验收报告，和竣工报告，并就工程款项目进行最后决算，决算后建设单位无异议的再支付给施工单位。