房屋产权以登记为准。你和公司间存在的是合同关系，也就是债权债务关系。产权确实现在不属于你，但是你可以依据合同要求建好后过户，否则公司承担违约责任

目前你与单位存在合同关系，你可以起诉要求单位履行合同，协助办理房屋两证

房子归属以房产登记为准。