协议内容不违法法律规定的话，应是有效的。
至于对于协议内容的理解，建议找法律专业人士审查协议。

根据你说的情况，我的意见如下：
1、农村宅基地只有在符合条件下才允许转让，不符合条件的转让协议无效。
2、你们签订的协议的真实意思，需要参考房屋在93年的市价来确定。
3、如有其他问题，建议电话咨询15238677325。