孩子户口上在夫妻哪一方都可以，村上不同意不合法，只要你妻子的户口在村上，村上就无权取消他的土地承包经营权，你应该向土地管理部门以及户籍管理部门投诉。必要时，就土地承包问题，你妻子可以向法院提起诉讼，维护她的合法权益。

可以随妻子落户村上

起诉法院，协助落户。