按遗嘱办理。

他现在的妻子，父母子女

你好，第一顺位继承人是妻子、父母、子女。
你所说的问题需要先确定遗产是什么，根据你的描述，你父亲离婚时的协议时有效的，房产只有儿子作为继承人。

你好，有遗嘱按照遗嘱，没有遗嘱配偶，父母，子女为继承人。。。。

你继母、你爷奶、你兄弟姐妹。
你父亲没有再立遗嘱的，按遗嘱应由儿子继承全部遗产。

协议上注明的房产可以有儿子所有

协议是具体是怎么说的，是房子归儿子所有　还是以后归儿子所有，以后又怎么指什么时候。

离婚协议把房产赠与儿子的，应去办理赠与公证才可以。如果你父亲想把房产留给你，最好立一份遗嘱，否则属于你父亲的遗产就由他的第一顺序继承人继承即：父母、配偶、子女。

父母、配偶、子女 为第一顺序继承人   有协议按照协议