可以。卫生监督所根据《医疗机构管理条例》第四十四条　违反本条例第二十四条规定，未取得《医疗机构执业许可证》擅自执业的，由县级以上人民政府卫生行政部门责令其停止执业活动，没收非法所得和药品、器械，并可以根据情节处以1万元以下的罚款。卫生监督所处罚的是机构，而非法行医罪处罚的是你个人，可以同时进行，没有问题。