你讲的情况比较复杂，另外，工程承包过程中牵涉许多主体，建议整理以下资料：
1、你爸爸与谁签订的工程承包合同？
2、向你爸爸发包工程的主体与工程的发包方是什么关系？
3、工程是否有工程量清单？
4、整个工程工程是否已通过验收？
总体而言，如果能够证明已完成一定的工程量，对方就应该支付工程款。本人曾在葛洲坝集团工作，对工程承包比较熟悉。

如您需要进一步帮助，可直接联系，020-28337942/13924073030，Q1651263080。本人长期处理公司投资并购、企业改制重组、境内外诉讼等法律事务。广州安华理达律师事务所（美国博恩凯悟律师事务所联盟所），中山四路信德商务大厦22-25楼。

你们是否有欠条或者其他证据能证明欠款的事实？
如果有，可以委托律师帮助通过法律途径索要欠款。

  寻找相关证据，起诉。

协商不成可以起诉。