你好，作为证据来讲是应当严谨的。如果你们用圆珠笔签合同，可能导致以后合同签字部分模糊，导致取证困难。
你们的合同现在效力上是没有问题，只是形式上有瑕疵，建议按原合同另外重起草一份，使用黑色签字笔签字捺印。