在这种情况下，虽然乙公司暂时无法代偿，但仍有多种方式维护自身权益：
1. **及时关注执行程序**：
    - **与查封法院沟通**：乙公司应主动与查封甲公司不动产的法院取得联系，表明自身对该不动产享有抵押权，并提交抵押登记证明等相关材料，说明抵押情况，确保法院在执行过程中知晓该不动产存在抵押权益，避免在后续执行处置中忽视乙方权益。
    - **获取执行进展信息**：持续跟进执行程序的进展，了解法院对该不动产的评估、拍卖等计划安排。这有助于乙公司提前规划应对策略，以便在合适的时机主张自身权利。例如，若得知不动产即将进入拍卖程序，乙公司可以提前准备相关文件，主张优先受偿权。
2. **与甲公司协商**：
    - **督促甲公司解决债务**：乙公司应积极与甲公司沟通，提醒其尽快解决导致不动产被查封的其他借款纠纷，避免不动产被强制执行而损害乙公司的抵押权益。因为甲公司作为债务人，若其不动产被执行，可能影响乙公司将来行使抵押权的实现程度。可以要求甲公司提供其他财产线索用于偿还债务，或者与查封债权人协商达成和解协议，解除对该不动产的查封。
    - **探讨替代担保方案**：考虑到乙公司暂时无法代偿，与甲公司商讨是否能够提供其他形式的替代担保，以保障乙公司未来可能产生的追偿权。例如，甲公司可以提供其他未被查封的不动产、车辆或有价证券等作为新的抵押物，重新办理抵押登记手续，增加乙公司权益的保障。
3. **与其他债权人协商**：
    - **了解债权情况**：主动与查封甲公司不动产的其他债权人取得联系，了解他们的债权金额、性质以及执行诉求等情况。通过掌握这些信息，乙公司可以更准确地评估自身面临的风险，并制定相应的协商策略。
    - **协商分配方案**：在合适的时机，尝试与其他债权人协商关于该不动产处置后所得款项的分配方案。由于乙公司对该不动产享有抵押权，根据法律规定在受偿顺序上具有一定优先性。乙公司可以依据此优先地位，与其他债权人协商，争取在保障自身优先受偿的基础上，达成一个各方都能接受的分配方案，避免因各方利益冲突导致执行程序的拖延或对自身权益造成更大损害。
4. **寻求法律专业意见**：
    - **咨询律师**：聘请专业的律师对整个事件进行全面分析，律师能够根据具体的法律规定和实际情况，为乙公司提供详细、准确且具有针对性的法律建议。律师可以帮助乙公司梳理相关法律关系，评估各种可能的风险和应对措施的可行性，确保乙公司采取的每一步行动都符合法律规定，最大限度地维护其合法权益。
    - **考虑提起诉讼**：在必要时，根据律师的建议，乙公司可以考虑通过提起诉讼的方式来维护自身权益。例如，如果乙公司认为查封行为存在违法或不当之处，影响了其抵押权的实现，可以向法院提起执行异议之诉，请求法院依法审查并纠正相关执行行为，保障其对抵押物的合法权益。