单位和个人签订的《承包协议》有法律效力吗？单位规章制度能对抗承包协议吗 按照承包协议约定用结余资金发放奖金
是否能认定为贪污罪？
1、某单位（甲方）与个人（乙方）签定的《承包协议》中约定乙方的权力责、权、利如下：
①承包期间，根据协议约定乙方每个承包年度向甲方缴纳管理费300万元，三年共缴纳900万元；
②乙方需向甲方缴纳风险抵押金50万元；
③协议约定乙方未如期缴纳管理费的，甲方将从承包风险抵押金中扣除；承包风险抵押金不足以抵扣未如期缴纳额度的，甲方有权从乙方收取的工程款中予以扣除；
④乙方收取的工程款一律进入甲方账户，甲方财务部门以收取工程款为基数，按照工程款收取的进度，扣除3.3%的税金及1%的质量保证金后，其余款项于五个工作日内拨付至乙方账户，用于工程建设，如甲方延期拨付上述工程款，自第六个工作日起，甲方需按照内部银行计息管理办法向乙方支付利息。
⑤在承经营期间，工程管理部员工的工资、奖金、各项计提费用由乙方负责承担。
⑥协议约定：乙方按照本协议约定缴纳管理费后，在不违反国家法律法规的情况下，有权支配结余资金。
2 、承包期间乙方自行租用施工机械设备，经营的是乙方从建设单位收取的工程款，甲方仅给乙方提供字号、营业执照、 账号、印章等，并未实质性地提供生产资料、资金，承包期结束后，经审计乙方超额上缴了管理费、税费、保证金、风险抵押金等费用。
请问这种承包实质是不是定额承包？乙方按《承包协议》约定用结余资金发奖金是贪污行为吗？甲方离开《承包协议》用单位的规章制度对抗合同约定合法吗？