1、两个单位施工关键是如何协调工程分工、工程衔接、工程验收等工程管理问题；
2、与审计关联的是工程结算问题，如果通过合同清晰约定、工程量及时确认等，工程审计过程中应该不存在问题。

不影响审计，分包一般需发包方同意。