可以。

该做法不违法

可以这么操作，不违法。

当然可以啊。只要按合同约定支付报酬，就是合法的。不管由谁支付。
至于手续，我想财务最清楚，这是做账建哪个科目的问题，不需要批准。

该项目是由母公司员工完成的，给子公司干活，当然可以由子公司发放。