关于事业单位在编人员离职违约金的问题 各位专业律师好，想咨询一下我下一步的做法。
    事情的经过是：毕业后参与了公招考试考入了一家医院，当时入职时在劳动合同上书写如果工作两年未能考取执业医师证，将自动离职。工作一年后依据国家住院医师规范化培训的要求送至三甲医院进行为期三年的培训。在培训第二年依旧未能通过执业医师考试，遂向培训单位申请暂停培训，全力备战考试，当时经培训单位同意后，就脱产学习，半个月后就职医院通知不同意暂停培训，考虑到之前的合同所写，就提出了自动离职，单位未同意，就向院长提出请假（由于之前已离开工作地点，都是电话联系），至此用人单位按最低工资要求发放每月工资，一年后考试仍未通过，单位未告知的情况下停发工资及社保（我是发现工资卡没有工资了以后去查询发现，并个人进行了补缴），半个月后单位电话通知要求办理离职手续，到单位后单位要求赔偿违约金包括：1.退回请假期间的工资及福利待遇（因为当时请假的院长已经调离，所以说我当时是旷工，时间有16个月）。2.参与培训期间的绩效工资。3.合同违约金。我回答的是只同意第三点合同违约金，并且愿意配合单位办理在编人员离职手续。但医院不同意，并且说，如果我不愿意赔偿，那他们将会以旷工1年以上的名义将我开除，并且登报通报我拒绝赔偿的事情，说这样会影响我的个人征信，然后我最好还是进行赔偿。
    请问律师我该怎么做，违约金的三点要求是合理的吗？拜托了，谢谢！