你好，房屋抵押后，有不同处理办法．有的是将房产证放在银行，但大部分会进行抵押登记，房产证由自己持有．或者押在房屋登记机关，发给产权人一本他项权利证．等解押后再将房产证归还．

一般都有银行来保管，不同的银行有不同的做法。