破产清算时，甲公司在贵公司的股权资产应该已经清算完毕。甲公司注销后，甲公司在贵公司的股权是如何处理的是问题的关键，如果甲公司的股权被其主管单位购买，那贵公司应该是知晓的，在这种情况下处置资产也应该通知甲主管单位；如果甲公司股权在甲公司破产时被拍卖或转卖第三人或转让于贵公司其他股东，那甲公司主管单位无权再向贵公司提出任何股东权利要求。

甲公司破产，并非意味着甲公司在你公司的投资不存在了。如果甲公司在你公司的股份未清算，则甲公司的主管单位可以主张权利。