建议你尽快补缴税款，偷逃税款5万元以上的，很可能会被刑事立案，追究刑事责任的。

纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

经税务机关依法下达追缴通知后，补缴应纳税款，缴纳滞纳金，已受行政处罚的，不予追究刑事责任；但是，五年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或者被税务机关给予二次以上行政处罚的除外。

如你所述，建议及时补缴。

1. 若40万占到您应缴税款10%以上，则涉嫌构成偷税罪，公安机关可能会介入。
2. 破产的法定条件是资不抵债，若您公司当前的资产不足以支付该40万税款，则可以破产；当然可以用公司的资金抵税。
3. 税款不可以不交，若当下缴纳有困难，可以向有管辖权的税务机关申请缓缴。

建议直接电话咨询律师.