非法占用农耕地 甲方（村委会）乙方（有限责任公司）。甲乙双方签订联营合同，甲方向乙方出租18亩土地（工业用地），乙方按双方约定的价格付租金甲方，合约时间20年。乙方在土地上建厂并经营。如遇征地拆迁，土地赔偿款归甲方所有，地表物赔偿款归乙方所有。同时甲方将该项目报区发改委，区发改委书面同意立项。并责成村委会和乙方办理相关建厂手续。由于多种原因，相关手续未能及时办理。乙方在未取得相关建厂房批文的前提下，建厂并经营。在建厂房和后续的经营活动中，村、乡、区级政府行政执法部门，未对建厂房和生产经营提出异议。一年后，大型企业征地，乙方在获得一半的地表物赔偿款后，检察院以非法占用农耕地将乙方负责人拘留后批捕。请问：检察院批捕理由合法吗？如合法，乙方可追究相关部门不作为的法律责任吗？谢谢！