首先应认定双方的这种合同关系是应认定为普通承揽合同，适用普通承揽相关的法律法规，还是认定为建设工程施工合同，适用《建筑法》《合同法》等国家关于建设工程合同的法律法规及相关司法解释、建设部关于规范房屋、建设工程施工的行政规章制度等。
    一、农村居民自建低层住宅认定为普通承揽合同，自建三层以上(含三层)住房应认定建设工程合同。
     根据《建筑法》第二条规定：在中华人民共和国境内从事建筑活动，实施对建筑活动的监督管理，应当遵守本法。第八十三条第三款规定：农民自建低层住宅的建筑活动，不适用本法。参照建设部规章建质[2004]216号《关于加强村镇建设工程质量安全管理的若干意见》第三条第(三)项规定：对于村庄建设规划范围内的农民自建两层(含两层)以下住宅(以下简称农民自建低层住宅)的建设活动……。根据该规定，“农民自建低层住宅”是指农民自建的两层(含两层)以下的住宅。不适用《建筑法》，故没有特别规定的就应适用合同法应定为承揽合同。反之，建盖三层(含三层)以上房屋的，则应适用《建筑法》。这也与建设部建村[2006]303号《关于加强农民住房建设技术服务和管理的通知》第六条“三层(含三层)以上的农民住房建设管理要严格执行《建筑法》、《建设工程质量管理条例》等法律法规的有关规定”相符。
     二、无资质承建农村三层(含三层)以上住房建设，应认定建设工程合同无效
     根据《建筑法》第十二条、第十三条的规定，从事建筑施工工作的承包方应当具备相应的从业资质；《建设工程安全生产管理条例》第二十条规定：施工单位从事建设工程的新建、扩建、改建和拆除等活动，应当具备国家规定的注册资本、专业技术人员、技术装备和安全生产等条件，依法取得相应等级的资质证书，并在其资质等级许可的范围内承揽工程。《村庄和集镇规划建设管理条例》第二十三条规定：承担村庄、集镇规划区内建筑工程施工任务的单位，具有相应的施工资质等级证书或者资质审查证明，并按照规定的经营范围承担施工任务。在村庄、集镇规划区内从事建筑施工的个体工匠，除承担房屋修缮外，须按有关规定办理施工资质审批手续。建设工程合同是特殊的承揽合同，不应简单适用承揽合同的规定。承建农村三层(含三层)以上住宅，应当适用《建筑法》，无资质承建人不能成为订立建筑承包合同的合格主体，双方订立的建筑承包合同违反《合同法》第五十二条第(五)项的强制性规定而无效。
     三、无效合同的处理
     建筑工程合同由于违反我国法律、行政法规的强制性、禁止性规定，应确认为无效合同。合同虽然无效，但根据无效合同的处理原则及公平原则，工程款应予以支付。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条：建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。因为该房屋的房主已经使用入住，应视为已经认可了工程质量，除地基基础工程和主体结构质量存在问题外其应依约支付工程款。如果对地基基础工程和主体结构质量是否存在质量问题有争议，应由双方先行对该工程质量、工程量、工程款进行必要的鉴定后再处理，申请鉴定的应在举证期限内提出。具体法律适用上，应依照最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二、三条规定处理。即质量不存在问题应支付工程款，质量存在问题即由施工方修复，修复后质量合格应予支付工程款，如果不合格则得不到支持。
    此外，因你们之间不存在书面协议，请尽量收集双方之间关于该房屋建设工程施工范围、工程质量、价款总额、支付方式，结算等有关的约定的确切证据，毕竟这是主张价款的基础。
    以上仅为个人意见，仅供参考。 我的补充： 2012-06-27 15:24

你好，没有施工资质，对方也应支付工程款，只是利润部分如果被认定为非法所得也应由法院收缴，房主无权不支付。斜角如何处理虽没有书面协议约定但应按房主提供的图纸施工，但对方在知晓这一情况后同意你们继续施工应视为认可，不过请注意收集证明其认可的证据。此外，如前所说，房主实际入住已经构成对工程质量的认可。是否达到国家规定的质量标准需要鉴定后才能知道。你所说的如果都有相应的证据或者证人证言及事后的录音证据予以佐证，则不存在违约行为，可以要求房主支付工程尾款。