有关合同违约 我有一同学大学毕业后，就职于一家网络公司，做软件开发工作。他是天津籍大学生，是经北京是人民市局批准，并经学校分配和派遣留京工作。2011年3月，他与网络公司、学校三方签订全国普通高校毕业生就业协议书，协议约定：他在规定时间到用人单位报到，用人单位做好接收工作。学校审核列入建议就业计划，并负责办理派遣手续，同时约定第一年为见习期，服务期为3年，未按规定完成服务期的，每相差一年支付一万元违约金，不满1年者按一年计算，双方权益义务依报道后签订的劳动合同法为准。2011年7月，我同学和该公司签订了一份劳动合同，期限为4年。并规定了3 个月的试用期。不久，我同学发现工作在管理方面不理想，认为自己不适合在该公司发展。在2011年8月中旬，依据劳动合法和劳动合同规定，向公司提出辞职申请。公司缺扣留了他的档案。不予办理解除劳动合同的相关手续，并要求我同学支付40000元违约金，那家公司的做法是否合理呢：