根据《公司法》和《个人独资企业法》的相关规定，两者的区别主要体现在以下六个方面：
一、 投资主体不同，前者可以是一个自然人或法人，后者仅限于一个自然人。
1、新《公司法》第58条第二款规定“本法所称一人有限责任公司，是指只有一个自然人股东或者一个法人股东的有限责任公司。”因此，一人有限责任公司的投资主体的，可以是一个自然人，也可以是一个法人。
2、《个人独资企业法》第2条规定“ 本法所称个人独资企业，是指依照本法设立由一个自然人以个人所有财产投资，以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体。”即允许成为个人独资企业的投资主体的，只能是自然人个人。

二、民事责任承担主体不同，前者为股东以其出资额为限对公司承担有限责任，但股东与公司财产混同的除外；后者是以个人财产或家庭财产对企业承担无限责任。
新《公司法》第3条的规定，“公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任;…”因此，在一人有限责任公司中，民事责任的承担主体为公司及股东。但根据《公司法》第64条规定“一人有限责任公司的股东不能证明公司财产独立于股东自己财产的，应当对公司债务承担连带责任。”，也就是说，出现股东财产与公司财产混同情况下，股东对公司债务是要承担连带责任的。
根据《个人独资企业法》第2条、第18条的规定，“投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任”，“个人独资企业投资人在申请企业设立登记时明确以其家庭共有财产作为个人出资的，应当依法以家庭共有财产对企业债务承担无限责任”，也就是说，个人独资企业中承担民事责任的主体为投资者个人或投资者个人及其家庭成员。

三、民事责任的承担方式不同
作为对债权人的义务承担主体，一人有限责任公司股东对债权人承担有限责任，个人独资企业对债权人则承担无限责任。
1、一人有限责任公司具有公司法人所具有的两个基本特征：独立的财产和独立的责任。依法公司以其财产为限，股东以其出资额为限对债权人承担有限责任。
2、对于个人独资企业的财产属于投资者个人，不属于该独资企业，企业的财产是不能独立的，债权人债权的实现就只能从投资人个人的全部财产(或其家庭共有财产)获得求偿，故个人独资企业的民事责任承担方式是无限责任。

四、刑事责任承担的主体和方式不同
一人有限责任公司具备单位犯罪刑事责任承担的主体资格，当一人有限责任公司构成单位犯罪时，对单位判处罚金，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处以刑罚。而个人独资企业不具备独立的财产权，企业财产属于投资人个人所有，故其不具备法人资格，同时立法上也不承认个人独资企业具备刑事责任承担的主体资格

五、设立出资条件不同
一人有限责任公司设立时对其注册资本为人民币10万元。个人独资企业法第八条第(三)项规定，“有投资人申报的出资”即可，对于其申报的出资限额则没有规定。
六、财务报告制度要求不同
一人有限责任公司的“财务会计报告应当依照法律、行政法规和国务院财政部门的规定制作，即按照会计法、企业会计制度的规定进行编制；
个人独资企业的财务会计制度只需“依法设置会计帐簿，进行会计核算”即可，法律并没有要求个人独资企业的财务会计报告必须经会计师事务所进行审计。