一、保密协议是否属于劳动合同纠纷
        如果员工与用人单位之间因为保密协议书产生的纠纷，属于劳动仲裁范围，应先申请劳动仲裁，对仲裁不服才能去法院起诉。如果是企业与企业之间、或者企业与非员工之间，因为保密协议书之间产生的纠纷，不属于劳动仲裁范围，属于一般的民事纠纷，直接向法院起诉，劳动仲裁不受理。
二、保密协议书从属于劳动合同
        《劳动合同法》第二十三条 用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的事项。对负有保秘义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。因此劳动合同在签订的同时，可以在合同中约定保密协议的具体事项，同时可以约定违约金，数额由用人单位和劳动者自行约定。用人单位和劳动者本人都有义务遵守。保密协议作为劳动合同的一项补充协议是从属于劳动关系的。
三、单独签的保密协议依然有效
        保密协议虽然从属于劳动关系，但可以单独订立，具有法律效力。
        劳动合同是用人单位与劳动者确立劳动关系，明确双方的权利与义务的协议。保密协议是当事人之间就一方告知另一方的书面或口头信息，约定不得向任何第三方披露该等信息的协议。保密协议虽然从属于劳动关系，但按《劳动合同法》第二十三条、二十四条规定，对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款。没有订立劳动合同，只是订立了保密协议的，保密协议有效。保密协议具备劳动合同基本内容的，可以视为劳动合同。