律师解答：如果双方都知道这个情况，但都没有异议，就以实际承包的面积计算青苗补偿款。
判决书节选：
        承包合同合法有效，刘某取得涉案土地的合法使用权。《农村土地承包法》第四十八条规定：“发包方将农村土地发包给本集体经济组织以外的单位或者个人承包，应当事先经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意，并报乡（镇）人民政府批准。由本集体经济组织以外的单位或者个人承包的，应当对承包方的资信情况和经营能力进行审查后，再签订承包合同。”东某经济社对承包合同的发包z过程并无异议，且该合同经乡（镇）人民政府的主管部门见证、批准，应认定合法有效，刘某依法取得承包合同范围内的土地承包经营权。《合同法》第三十六条规定：“法律、行政法规规定或当事人约定采用书面形式订立合同，当事人未采用书面形式但一方已经履行主要义务，对方接受的，该合同成立。”合同法第七十七条第一款规定：“当事人协商一致，可以变更合同。”虽然承包合同约定刘某只是承包旱塘西侧范围内40亩土地，但东某经济社与谷某公司所承认的刘某建设附属物位置并不限于东某经济社所确认的40亩地范围之内；而且东某经济社在2012年已知悉刘某实际用地范围是“旱塘西侧至大田井面，四至：东至火岭、南至杉窿、西至大田井面、北至荔枝园”的情况下，并未要求刘某退还合同约定面积以外的土地，亦未提供证据证明其曾要求刘某补缴承包费；在1992年至2012年期间，东某经济社亦未将涉案土地发包给刘某以外人员。综上，法院认为东某经济社事实上向刘某交付的土地面积并不限于合同约定的40亩土地，而是谷某公司所测量的60.943亩。 
        刘某是涉案土地范围内青苗的合法所有者。刘某主张其自1992年以来一直在涉案土地上种植青苗以及建设附属物。虽然刘某与东某经济社并未签订书面合同，但刘某在涉案土地上种植果树等作物20余年，东某经济社在庭审中确认超出40亩范围外的土地上所种作物为刘某所有，刘某所种植的果树是其合法财产，依法应得到保护。