一、认定小产权房买卖合同无效的理由
（一）农村集体所有土地的使用权不得流转
《中华人民共和国土地管理法》第六十三条：“农民集体所有的土地使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设；但是，符合土地利用总体规划并依法取得建设用地的企业，因破产、兼并等情形致使土地使用权依法发生转移的除外。”我国房地产管理法规定，房屋的所有权和该房屋占用范围内的土地使用权同时转让、抵押。也就是说我国对于房屋的转让实行的是房地一体主义，这是我国房地产交易中普遍遵循的法理。基于房地一体主义，小产权房的买卖必然会导致房屋所占用土地的使用权发生转移，而这与《中华人民共和国土地管理法》的规定是相违背的，《中华人民共和国合同法》第五十二条第五项规定：“违反法律、行政法规的强制性规定的，合同无效”。所以小产权房买卖合同因为违反法律的强制性规定而无效。
（二）农村宅基地使用权的取得有着严格的身份限制
小产权房中有一部分是农户在自家宅基地上建房出卖，这自然就出现了宅基地使用权可否转让的问题。宅基地使用权是指农民以户为单位利用集体所有的土地，在规定的地点享有建筑用房、添置生活设施、在庭院种植树木、永久居住的权利。宅基地使用权的主体是该集体经济组织的成员，这是一个严格的身份限制，是基于集体经济组织成员的身份而享有的权利，而城镇居民显然不具备集体经济组织成员的身份，也就不能取得宅基地使用权，小产权房买卖合同因为标的无法履行而无效。
（三）国务院等有关部门的文件也禁止小产权房的买卖
关于小产权房问题，国务院等国家有关部门出台过许多相关规定，比如1999年国务院办公厅发出的《关于加强土地转让管理严禁炒卖土地的通知》，原国家土地管理局[1990]国土函字第97号《关于以其他形式非法转让土地的具体应用问题请示的答复》，国土资源部发[2004]234号《关于加强农村宅基地管理的意见》，2004年10月21日国务院发布的《关于深化改革严格土地管理的决定》，2008年1月，国务院下发的《关于严格执行有关农村集体建设用地法律和政策的通知》等等，都规定了禁止城镇居民到农村购买小产权房、禁止城镇居民在农村购置宅基地。虽然这些文件都不是以法律、法规的形式出现，但它们代表了国家的政策导向，而且这些规定的出台致使小产权房无法办理房产证，房产无法实际转移。根据这些规定的精神可以看出，小产权房买卖合同应当是无效的。
二、认定小产权房买卖合同有效的理由
（一）认定合同是否有效，应当以《中华人民共和国合同法》中规定的合同有效要件为标准，符合合同有效要件的合同有效，否则无效。
小产权房买卖合同归根结底是合同，要遵守《合同法》的规定，只要符合合同的构成要件且不违反禁止性规定，就应当认定合同有效。根据《合同法》的规定，当事人订立合同应当有民事行为能力;意思自治；且不违反法律、行政法规的强制性规定和社会的公序良俗。最高人民法院关于适用《中华人民共和国合同法》若干问题的解释(一)第四条规定，合同法实施后，人民法院确认合同无效，应当以全国人大及其常委会制定的法律和国务院制定的行政法规为依据，不得以地方性法规、行政规章为依据。而现行的法律和行政法规没有一部明确对小产权房做出禁止性规定，无论是国务院下发的通知、决定，还是国土资源部下发的意见，都不是法律也不是行政法规。所以只要当事人具有民事行为能力且意思自治，小产权房买卖合同就应当被认定为有效。
（二）小产权房买卖合同不违反《中华人民共和国合同法》第五十二条的禁止性规定。
《中华人民共和国合同法》第五十二条规定，有下列情形之一的，合同无效：一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益;恶意串通，损害国家、集体或第三人利益；以合法形式掩盖非法目的;损害社会公共利益；违反法律、行政法规的强制性规定。
对于小产权房买卖来说，双方订立合同处分自己的财产，不存在恶意串通或胁迫订立合同的问题，即使有一方隐瞒了真实情况，实施了欺诈行为，也只是损害了另一方的利益，而没有损害国家利益。小产权房的买卖同样也不会损害集体和第三人的利益，基于一户一宅的规定，房屋卖出后，不能再申请宅基地，所以不会对集体和第三人的利益构成危害，现今的农民在宅基地上通常是建楼房，除了自己居住的一两套房屋外，还留有多套空闲房屋，将这些空闲房屋出卖给第三人，并不会使农民失去其赖以居住的土地，相反的小产权房的建设和买卖增加了农民的收入。小产权房的买卖双方一方是寻求自身经济的增长，另一方是为了满足自身住房的需求，这些目的不能算是非法。至于损害社会公共利益更是无从谈起，除非小产权房对社会公益设施构成威胁或侵害了不特定多数人的利益。至于该条的第五款，前面已叙述过，没有任何一部现行的法律、行政法规对小产权房做出禁止性规定。综上，小产权房的买卖并不违反《合同法》第五十二条的禁止性规定。
（三）如果认定合同有效，符合诚实信用原则，有利于保护守信方的利益，有利于促进交易安全。
现行的小产权房买卖合同纠纷中，要求确认合同无效的一方通常是出卖方，起因大多是因为房屋卖出后，由于当地房价上涨或政府拆迁补偿费远远高于当时的出卖价格，出卖人觉得吃了亏，遂以买卖合同违反国家禁止性规定为由要求法院认定买卖合同无效。这种在合同签订并履行后，因利益的驱动而产生悔意，并试图通过以确认合同无效的方式要回房屋的行为，不具有正当性。小产权房买卖因违反国家规定而无法过户办证，对于出卖人来说是明知的，出卖人在卖出房子后，又以合同违反规定要求确认无效，这是一种恶意抗辩，如果认定了合同无效，无疑是对不诚信者的纵容，不利于保护交易安全，同时也是对诚实信用原则的违反。
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