“补充协议”的内容应当是主合同中没有约定或者约定不明确的内容。根据《合同法》第61条、第62条规定，包括质量、价款或者报酬、履行地点、履行期限、履行方式、履行费用的负担等。这也就是说，对于主合同中没有约定的内容，可以通过“协议补充”使其变成有约定；对于主合同中约定不明确的内容，可以通过“协议补充”使其变成约定明确。两者的目的都是为了主合同的履行。
“补充协议”的内容应当是主合同的非主要内容，也可以说是非主要条款。如果是主合同的主要条款没有约定或者约定不明确，主合同不成立也不生效，那么谈不上“协议补充”。根据《合同法》第61条、第62条以及《合同法》总则、分则和其他法律法规的规定，影响主合同成立的必备条款有三：即当事人条款、标的条款和数量条款。这些条款没有约定或者约定不明确，主合同不成立。主合同不成立，谈不到生效，更谈不上履行。此时，“补充协议”没有存在的前提。当事人对没有约定或者约定不明确的必备条款达成的协议，不是“补充协议”而是一个“新协议”，对“新协议”中的非主要条款没有约定或者约定不明确的，才有“补充协议”存在的前提和基础。根据《合同法》第61条和第62条规定，“补充协议”是对主合同中没有约定或者约定不明确事项补充的首选方式，即当事人对于主合同中的上述内容没有约定或者约定不明确的，法律首先赋予当事人“协议补充”。只有不能达成“补充协议”，才能按照主合同条款进行体系解释或者按照当事人之间的交易习惯进行补充。只要上述方式之一就能补充主合同中没有约定或者约定不明确的事项，就不能适用第62条规定的任意性规范。
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