纳税义务人
从股权收购定义看，股权收购交易的对象是被收购企业的股权。在股权收购过程中，涉及收购企业、被收购企业及被收购企业股东三方。其中应按税法规定进行所得税处理的是收购企业、被收购企业股东两方，而不包括被收购企业。
股权收购中一般性处理规定
(一)收购企业涉及的所得税处理。
1.支付对价涉及的所得税处理。当收购企业支付的对价包括固定资产、无形资产等非货币资产时，虽然财税〔2009〕59号文件未明确规定应确认所涉及非货币资产的转让所得或损失，但由于资产的所有权属发生了变化，因此收购企业应按税法规定确认资产的转让所得或损失。
2.取得被收购企业股权计税基础的确定。由于收购企业支付的对价无论是股权支付，还是非股权支付均是按公允价值支付的，因此按照所得税的对等理论，依据财税〔2009〕59号文件的规定，收购企业应按公允价值确定被收购企业股权的计税基础。
(二)被收购企业股东涉及的所得税处理。
1.放弃被收购企业股权涉及的处理。股权收购过程中，被收购企业股东放弃被收购企业股权而取得收购企业支付的股权和非股权，其实质应分解为两项业务，即先转让被收购企业股权，然后再以转让收入购买股权或非股权支付，因此依据财税〔2009〕59号文件的规定，被收购企业股东应确认股权转让所得或损失。
2.取得股权支付和非股权支付计税基础的处理。由于被收购企业股东确认了放弃被收购企业股权的转让所得或损失，因此按照所得税的对等理论，对其取得的股权支付和非股权支付均应按公允价值确定计税基础。
股权收购中特殊性处理规定
依据财税〔2009〕59号文件规定，符合特殊性处理条件的股权收购，收购企业和被收购企业股东涉及下列所得税问题。
(一)收购企业涉及的所得税处理。
支付对价涉及的所得税处理。收购企业支付非股权对价涉及的所得税问题，同前面所述一般性处理规定。这里应注意的是，财税〔2009〕59号文件规定的特殊性处理，不仅涉及股权支付应如何进行所得税处理，还涉及收购企业支付非股权对价的所得税处理，但无论是一般性处理还是特殊性处理，凡收购企业支付对价涉及非股权等其他非货币性资产的，均应按税法规定确认其转让所得或损失。
(二)被收购企业股东涉及的所得税处理。
1.放弃被收购企业股权是否确认股权转让所得或损失。为支持企业进行重组，缓解纳税人在资金上的纳税困难，依据财税〔2009〕59号文件的规定，符合特殊处理条件的股权收购业务，被收购企业股东可暂不确认股权转让所得或损失。这里应注意，如果被收购企业股东除取得收购企业的股权外，还取得收购企业支付的非股权支付，被收购企业股东应确认非股权支付对应的股权转让所得或损失。
例如，中外合资企业亚斯特公司以本企业20%的股权(公允价值为5700万元)和300万元现金作为支付对价，收购环宇公司持有的瑞丰公司80%的股权(计税基础1000万元，公允价值6000万元)。由于亚斯特公司收购瑞丰公司股权的比例大于75%，股权支付占交易总额比例：5700÷6000=95%，大于85%，假定同时符合特殊处理的其他条件。虽然依据财税〔2009〕59号文件规定，环宇公司可暂不确认转让瑞丰公司股权的全部转让所得，但应确认取得非股权支付额300万元现金对应的股权转让所得，即应确认股权转让所得：(6000-1000)×(300÷6000)=250(万元)。
2.取得股权支付和非股权支付计税基础的确定。虽然财税〔2009〕59号文件规定，符合特殊处理条件的股权收购业务，在涉及非股权支付的情况下，应确认非股权支付对应的资产所得或损失，并调整相应资产的计税基础，但未明确应如何调整相应资产的计税基础。按照所得税对等理论，被收购企业股东应以被收购企业股权的原计税基础加上非股权支付额对应的股权转让所得，作为取得的股权支付额和非股权支付额的计税基础。其中，非股权支付额的计税基础应为公允价值，所以取得收购企业股权的计税基础应为被收购企业股权的原计税基础加上非股权支付额对应的股权转让所得减去非股权支付的公允价值。
为什么取得非股权支付额的计税基础为公允价值?收购企业支付对价(股权支付及非股权支付)取得被收购企业股权，其实质相当于被收购企业股东以其持有的被收购企业股权换取收购企业的股权及非股权支付。站在被收购企业股东一方看，可以理解为被收购企业股东将其所持有股权的一部分股权进行了转让，获得的利益是取得收购企业支付的非股权支付额，由于税法上确认了这部分利益对应的股权转让所得，所以非股权支付的计税基础应为对应股权的原计税基础加上确认的转让所得，即非股权支付额的公允价值。同时，被收购企业股东还将其持有的被收购企业股权的一部分与收购企业的股权进行了交换，由于按税法规定，可暂不转让此部分股权的转让所得或损失，所以应按用于交换部分股权的原计税基础作为取得收购企业股权的计税基础。如何确认被收购企业股权用于交换部分的计税基础是确认收购企业股权计税基础的关键。假设用于转让部分股权的计税基础为x，则有：
被收购企业股权的公允价值：被收购企业股权的计税基础=非股权支付的公允价值 ：x
通过此等式解出x值，即可确认取得收购企业股权的计税基础=被收购企业股权的原计税基础-x。
仍以上例说明：环宇公司取得现金资产的计税基础应为300万元，取得亚斯特公司股权的计税基础应为1000+250-300=950万元。也可设瑞丰公司用于转让部分的股权计税基础为x，则有：6000∶1000=300∶x，其中x=50万元，所以用于交换a公司股权的计税基础为1000-50=950万元。未来环宇公司转让亚斯特公司股权时允许扣除的计税基础为950万元，而不是初得时的公允价值5700万元。可见，财税〔2009〕59号文件对股权收购特殊处理的规定，并不是让被收购企业的股东真正享受所得税的免税待遇，而是为支持企业并购重组，允许其递延缴纳企业所得税而已。
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