1.中央司法机关

　　明清时期，中央司法机构为刑部、大理寺、都察院，一改隋唐以来的大理寺、刑部、御史台体系。

　　（1）明代刑部增设十三清吏司，分掌各省刑民案件，加强对地方司法控制；

　　（2）明代大理寺掌复核驳正，发现有“情词不明或失出入者”，驳回刑部改判，并再行复核。如此三改不当者，奏诸皇帝裁决。

　　（3）明代都察院掌纠察。主要是纠察百司，司法活动仅限于会审及审理官吏犯罪案件，并无监督法律执行的原则。设有十三道监察御史。

　　2.地方司法机关

　　明朝地方司法机关分为省、府（直隶州）县三级。沿宋制，省设提刑按察司，“掌一省刑名按劾之事”。有权判处徒刑及以下案件，徒刑以上案件须报送中央刑部批准执行。府、县两级仍是知府、知州、知县实行行政司法合一体制，掌管狱讼事务。明代越诉受重惩。明朝还在各州县及乡设立“申明亭”，张贴榜文，申明教化，由民间德高望重的耆老受理当地民间纠纷，加以调处解决，有力地维护了社会秩序。

　　3.明朝的司法管辖制度

　　（1）明朝在交叉案件的管辖上，继承了唐律“以轻就重，以少就多，以后就先”的原则，同时又规定：“若词讼原告、被论在两处州县者，听原告就被论官司告理归结”，反映出明朝实行被告原则，减少推诿的立法意图。

　　（2）明朝实行军民分诉分辖制，凡军官、军人有犯，“与民不相干者”，一律“从本管军职衙门自行追问”。“在外军民词讼”有涉“叛逆机密重事”者，可允许“镇守总兵参将守备等官受理。”若军案与民相干者，由管军衙门与当地官府，“一体约问”。从中反映出明代军事审判程序的健全与管辖制度的完善。

　　4.廷杖与厂卫

　　5.明代的会审制度

　　（1）九卿会审（明代又称“圆审”）是由六部尚书及通政使司的通政使，都察院左都御使，大理寺卿九人会审皇帝交付的案件或已判决但囚犯仍翻供不服之案。

　　（2）朝审。始于天顺三年（公元1459年），英宗命每年霜降之后，三法司会同公侯、伯爵，在吏部尚书（或户部尚书）主持下会审重案囚犯，从此形成制度。清代秋审，朝审皆渊源于此。

　　（3）大审。始于成化十七年（公元1481年）宪宗命司礼监（宦官二十四衙之首）一员在堂居中而坐，尚书各官列居左右，从此“九卿抑于内官之下”。会同三法司在大理寺共审囚徒，《明史·刑法志》载：“自此定例，每五年辄大审。”