在公司治理方面，国内主板上市公司由于大部分由国企改制而来，最突出的问题便是大股东控制、“一股独大”的问题。创业板企业与主板上市公司不同，其本身更加完善并相对分散的股权结构对大股东的权限存在着三重限制。首先，创业企业大多数是民营企业，由几个自然人白手起家，企业的几个自然人股东经常也是企业的核心管理人员，不同的个人有不同的经营理念，这本身就是一种股权的分散，相互的制约。其次，创业企业的股权结构又分散又集中，有更多的风险基金、社保基金等投资机构参与投资，散户人数会相对较少，这些投资机构的股权比例不会很高，在一定程度上，代表了中小股东的利益，并且会给创业企业带来一些先进的管理理念，对完善法人治理结构将会起到重要作用。再有，创业企业的股权激励制度，使与企业本身发展密切相关的创业企业的员工也成为制约大股东的一股力量。

    因此，比较主板市场来说，创业板市场存在的大股东控制的风险是相对较低的，而存在内部人控制的风险却是相对较高，当然，大股东控制和内部人控制有时候是相辅相成的，这里只是针对直接的表现形式而言。一般创业企业都是由几个核心人物创办而成，而核心人物一般占据了董事、经理、总工的位置，甚至本身就是股东，几个人往往可以控制公司，从而形成内部人控制问题。如刚刚在国内主板上市被认为具有创业板概念的“用友软件”，其董事会共有7个成员，其中内部人就有4位，包括董事长、总经理、财务总监、产品研发总经理，而这四个人间接持有用友软件70%以上的股权，在董事会占有二分之一以上的董事席位，尽管其余三名董事全部为独立董事，但此四个内部人已可以相对控制董事会，完全有可能出现内部人控制的问题。